Voilà ce qui se passe dans la deuxième saison.
La saison nous montre comment les évadés s'en sortent.
S'ils croyaient être tranquils après avoir passés les murs, ils se trompent, car tout le monde est à leurs trousses.
Cette saison montrera la conspiration autour de Lincoln. Michaël commencera lentement à péter les plombs, ce qui fera de Lincoln le personnage central.
Les évadés devront ce séparer. Sucre, voudra retourer sa fiancée, avant qu'elle ne se marie avec Hector. Michaël lui, veut retrouver Sara, qu'il a laissé en mauvais posture avant de quitter la prison.